在赴美上市前夕，
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，華爾街日報揭露，
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，阿里巴巴為IPO布局、透過關聯企業進行的幾項併購交易，
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，引發公司治理專家和投資者的警戒心，
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，擔心持有該集團股票恐怕存在難以預估的風險，
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，相關風波為阿里巴巴集團IPO增添不確定因素。
華爾街日報報導指出，
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，存在風險的幾宗併購投資，包括馬雲和其他合夥人透過私人工具投資公司，或者馬雲與他人共同創辦的私募股權基金協同阿里巴巴一起進行投資。
阿里巴巴在境外開曼群島註冊，目的在運用VIE（可變動利益實體）結構，技術性避開中國監管，讓外國投資者得以購買公司股票；但此一外資身分也讓阿里巴巴不能直接參股許多中資公司，導致集團必須以間接方式，例如持有基金股權，來進行併購交易，卻也引來投資人的潛在風險。
阿里巴巴在提交給美國證券監管機構的文件（最後更新日為6月26日）中解釋，馬雲有時會代表公司進行投資，某些情況下會採取措施限制他從中獲得個人利益，包括把利潤轉回阿里巴巴，或捐給慈善機構。
公司治理專家警告，這類投資模糊了個人和企業利益間的界限，這些涉及馬雲和阿里巴巴的交易可能令馬雲和其合夥人受益；但是大部分阿里巴巴的股東對此卻無控制權或監管權。
西北大學和倫敦經濟學院的公司治理顧問Simon Wong表示，這讓小股東更容易受騙。今年4月，馬雲與公司高管謝世煌、巨人網絡董事長史玉柱透過三人控制的投資工具併購華數傳媒，由於阿里巴巴不能單獨進行投資，因此透過把錢「借」給謝世煌，再轉投資上述工具後再行併購。
公司治理專家指出，馬雲對阿里巴巴和華數傳媒同時持股，已造成潛在利益衝突；由於阿里巴巴不持有華數傳媒股份，如果馬雲或其他合夥人以犧牲阿里巴巴利益為代價改善華數傳媒利潤，阿里巴巴股東也束手無策。
已有投資者對阿里巴巴向謝世煌提供資金的做法感到不滿。總部位於舊金山的RS Investments.的投資組合經理Michael Reynal稱，阿里巴巴的資產負債表被用於向馬雲和其他人的收購交易提供資金。，