針對清境農場開發密集、自然危機逼近等問題。內政部營建署發文表示，
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，該風景特定區計畫範圍經套疊相關圖資後顯示，
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，約75%土地達坡度30%以上，
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，位於中高災害風險地區，
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，且屬經濟部中央地質調查所調查的地質災害高潛勢地區。
營建署表示，
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，針對個別建築物基地是否安全，
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，將逐一清查，
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，並將相關資料提供南投縣政府作為後續處置參考，
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，倘若真屬危險地區的違章建築，
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，將請地方政府積極進行拆除作業，不宜期望透過擬定都市計畫方式，讓所有違規使用就地合法。
營建署指出，內政部近期將會同縣府就既有建築的災害風險套疊結果進行現地勘查，予以分類分級，並將責成縣府針對位於高危險地區違規情節重大者，立即依法處理。
營建署表示，但如屬合法建築，未來雖可使用，但仍將加強預警機制及防災措施，避免災害發生；內政部並將於後續新訂都市計畫審議時，嚴格要求縣府於計畫中妥善處理具有災害潛勢地區土地使用及研提防災計畫。，