陸軍下士洪仲丘案，
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，讓國防部折損2位部長，
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，其中1位還是馬政府首位文人部長。馬英九總統接受ＴＶＢＳ電視台專訪時坦承，
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，文人部長是理想，
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，但有理想也要考慮到現實面。
馬總統表示，
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，具備當文人部長條件的人不多，
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，他第一時間找副部長楊念祖，
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，「沒想到發生那樣的意外」；楊念祖跟他面報時，
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，也覺得沒辦法再繼續做下去，所以經過與行政院長江宜樺、國安會秘書長袁健生商量後，同意楊念祖辭職，「這不是情緒的決定」。
馬總統感嘆說，楊念祖在國內外都有一定的聲望，也做了四年的國防部副部長，「沒想到會發生這樣的事」。
對於軍中高階將領人事異動，馬總統表示，「最重要的是安定軍心」，不要讓軍中覺得群龍無首。出訪中南美洲返國後，他也約見陸軍司令李翔宙，表示慰留。
馬總統說，洪仲丘案對軍中會有一些影響，也會讓軍人產生挫折感，但應不到軍心不穩、士氣低落的地步。，