自由經濟示範區農業加值管制，
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，引發各界關注是否會衝擊國內農產品市場及動物保育。國發會主委管中閔與農委會主委陳保基24日於記者會上表示，
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，為化解外界疑慮，
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，刪除示範區特別條例第33條「10%內銷產品免營所稅」優惠，
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，第47條動保法中「野生動物或其產製品」則限縮在「觀賞水族動物」。
農業一向是國家在自由市場中重點保護對象，
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，自經區農業加值政策也引發原物料走後門、衝擊台灣農產品市場等質疑聲浪，
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，管中閔24日首度走進農委會，陪同陳保基回應。
【自經區僅限深加工農業】
陳保基表示，自經區是市場自由化中的一個緩衝地帶，讓國外原料透過示範區加工後外銷，避免進入國內市場、衝擊我國農產品；他強調，原本的特別防衛措施（SSG）與關稅配額（TRQ）中限制的21項進口農產品，以及限制中國進口830項農產品，都會排除在自經區之外。
陳保基說，自經區內僅核准不得輸入國內、僅供外銷的「深加工」農產業，例如觀賞魚，或是將魚鱗做成面膜、動物疫苗等農業生技等，皆屬於高附加價值，對於碾米、屠宰、冷凍等「淺加工」的初級農業沒有影響，自經區農業加值主要目的在農業科技化與國際化，農產品加工只是一小部分。
【刪10%營所稅優惠】
針對示範區條例草案第33條中，給予外國貨主的內銷產品享有最高10%的免徵營利事業所得稅的優惠，引發外界批評此對示範區外業者是不平等條約，陳保基說，此條例原本是自由貿易港區為了發展物流產業而給的優惠措施，在實務上沒有農業類案利使用過，不過為化解疑慮，決議排除農產品適用。
另外，草案中第47條所說的動物對象限定在「觀賞水族動物」，同時將審核權收回原中央，僅排除野保法中的申請人、及其申請利用對象，其餘野保法的規範全都保留，水族動物包括魚類、珊瑚、水母、水生甲殼類、水生軟體動物等。
國發會主委管中閔強調，特別條例中沒有特定提及的項目與管制，都會回歸既有制度管制，沒有放寬標準。【更多精采內容，詳見】，