台南市史前時代重要考古遺址牛稠子將正式公告，
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，但目前範圍內已有兩處的都市開發計畫，
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，考古界指出，
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，這是台灣史前遺址的普遍現象，
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，雖然文化資產保存法中有保護的規定，
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，但遺址仍然面臨了沈重的開發壓力。
考古界指出，文資法雖將遺址以專章規定保護，但因牽涉到保存區畫定、土地開發等問題，公告指定困難，特別是地方政府面臨到龐大的遺址補償與徵收經費時，往往卻步。
樹谷考古中心主任朱正宜表示，牛稠子遺址多數為台糖土地，大致仍保存完整，但因文化層表淺，不到1公尺深，多年來台糖造林、出租作為農耕，對遺址有一定破壞，而在中山高速公路當年興建時，台糖曾出售東側約5公頃的表土做為道路填土之用，也造成嚴重破壞，西側則為住宅區，幾乎全被開發。
考古界指出，依文資法規定，「政府機關策定重大營建工程計畫時，應先調查工程地區有無遺址或疑似遺址」，但營建署95年在遺址中心地帶拓寬道路時，未進行調查就動工，也造成破壞，顯示法令與現實仍有一定落差。
目前遺址北邊為仁德文賢都市計畫區、南側則被畫入都會公園都計區，文資處表示，一旦公告遺址，這些都市計畫可能必須變更，才能完整保存遺址。，