商譽認列一直為併購過程所關心的議題，
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，但就財會而言，
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，商譽不見得是好東西，
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，因不論是逐年攤提或減損測試，
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，都影響併購者未來損益的不確定性，
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，因此並非企併法有租稅攤提，
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，所有併購者就趨之若鶩，
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，現再加上商譽爭議，更添併購談判的複雜度。
最高行政法院於100年12月第一次庭長法官聯席會議，針對商譽爭議作成決議，簡單歸納以下四點：1.商譽是收購成本超過收購取得可辨認淨資產的公平價值而生；2.商譽價值為所得計算基礎的減項，應由納稅義務人負客觀舉證責任；3.納稅義務人應舉證證明其主張收購成本真實、必要、合理；4.可辨認淨資產的公平價值應依財務會計準則公報第25號第18段衡量，或提出足以還原公平價值鑑價報告或證據。
換言之，舉證責任全回到納稅義務人身上，推翻當初台北高等行政法院98訴字第1547號判決的舉證責任分配，該判決認為收購成本部分由納稅義務人對給付事實負舉證責任，至於收購成本的合理性，除非為關係人否則無須負舉證責任；就可辦認資產部份則應由稅局對「有利於己事實」的可辦認資產有無及公平價值的不合理負舉證責任，以免造成稅局一方面無須舉證地挑剔可辨認資產估價金額可能已被低估，卻另一方面用其所懷疑低估的資產來計算系爭年度折舊等損費的不合理現象。前述聯席會決議除同意納稅義務人可提出足以還原公平價值的鑑價報告或證據較為有利外，其他舉證責任分配幾乎又回到原點。
自100年12月份最高行政法院聯席會作成前開決議後，最高行政法院處理的商譽案件，不分年度約有15件，除了遠傳及新光銀的再審及凱基證券外，均判決納稅義務人敗訴，其中不乏原台北高等行政法院判決納稅義務人勝訴，經稅局上訴而發回更審的案件；而就高等行政法院，目前商譽案件多落在台北高等行政法院，自100年12月份以來，亦僅有德聯高及凱基證券部分年度獲得勝訴。
商譽既為併購時收購成本超過可辨認淨資產公平價值，納稅義務人同樣的舉證卻在不同年度不同法庭有不同判決結果，更凸顯爭議。雖聯席會決議同意納稅義務人事後提出足以還原公平價值鑑價報告，惟是否為法院所採亦是見仁見智，多數法庭仍認同稅局見解，認為鑑價報告係依管理階層提供的資訊作成，未執行獨立驗證覆核程序，以固定資產為例，常以未實際盤點等回推式報告而認為證據力不足駁回其所訴，試問聯席會決議所稱足以還原當時公平價值的鑑價報告真為要回到過去時點執行實際盤點等驗證工作嗎？如是，則該證據絕不可能存在，只要稅局挑剔，納稅義務人絕不可能提出合理性的證明。
若商譽爭議在於收購成本及可辦認資產的合理性，則合理性涵蓋了估價者的主觀判斷，並無所謂正確，實難舉證，今收購成本已屬真實，僅因對鑑價報告的挑剔而將所認商譽「全數」剔除，是否過於武斷？其實商譽的認列應回歸所得稅法第24條收入與成本費用配合原則，稅局過往對納稅義務人成本費用的認列自有一套原則；如為關係人交易，則依移轉訂價查準規定證明交易係屬常規，即使納稅義務人舉證屬常規，稅局亦常有一套自行檢視標準。
（作者是勤業眾信聯合會計師事務所會計師），